MAS Fatwa Alim memiliki beragam program ektrakurikuler 3 bidang, meliputi:
1. Pramuka (kegiatan wajib menurut Permendikbudristek dalam Permendiknas No. 13 Tahun 2025)
2. Bidang Keagamaan
A. Baca Tulis Qur'an (BTQ)
B. Tahfidz
3. Bidang Non Akademik
A. Voli
B. Tenis Meja
C. Catur
D. Pencak Silat (IPSI)
E. Kickboxing
F. Gambus Seni Religius
F. Klub E-sports
G. Paduan Suara MAFA
H. Saka Bakti Husada (SBH)
I. Pasukan Pengibar Bendera (Paskibra)
4. Bidang Akademik
A. Klub Sains (pembinaan olimpiade)