MAS Fatwa Alim menyediakan beragam program beasiswa bagi murid, meliputi:
1. Beasiswa Prestasi Peringkat Kelas
2. Beasiswa Prestasi Kejuaraan Akademik (Olimpiade)
3. Beasiswa Prestasi Kejuaraan Non Akademik (Olahraga dan Seni)
4. Beasiswa Tahfidz
5. Beasiswa Saudara Kandung (S&K Berlaku)
6. Beasiswa Yatim/Piatu
7. Beasiswa Badan Amil Zakat Nasional (BAZNAS)
8. Beasiswa Program Indonesia Pintar (PIP)
9. Beasiswa Mitra Lembaga